全國國土計畫劃定的農地總量為74萬至81萬公頃，是農委會以「糧食自給率」估算而得，由中央控管將「宜維護農地總量」面積分配至各縣市，結果有三大問題。
未能因時制宜
一是農地需求的估計未能因時制宜。台灣的農業在1952年約用87萬公頃的農地，產值佔GDP的32%，農民佔總就業人數56%，農業確實很重要。
但台灣現在已是工業國，農業109年產值只佔GDP的1.7%，農業佔總就業人數僅4.8%；產值為5,039億元，比一家華碩同年營收額5,349億元還低，更只有台積電年營收13,392億元的38％，顯然農地需求總量維持在70年前的水準不但太高，還造成工商、住宅用地價格飆漲。
為了糧食安全，只要準備三個月至一年的戰備存糧即夠自足，或將供做生產、加工、冷鏈倉儲、運銷、批發等「農糧供應鏈」的使用也視為農用，如此不但經濟有效，還可平抑地價的上漲。
國土計畫沒有補償
其次，國土計畫對於被指定為農用的農地沒有補償或回饋，等於讓持有農地的農民限於無法翻身的困境。
對於捐獻或被指定文化資產者，創造社會公益價值，卻犧牲了個人私利，文化資產保存法乃給予獎勵或補助；而政府為維護水源涵養與保育，劃設水質水量保護區，致保護區內居民因全體國民用水之公益，卻使其土地利用受限，中央應制定法律徵收水源保育與回饋費，向受益者徵收，專供保護區內辦理水資源保育、居民公共福利回饋及受限土地補償之用。
因此，基於「受益者付費、受限者得償」的原則，農地農用有如農民犧牲小我（農業工作辛苦，所得偏低，風險又高），應由所成全的大我（整體社會受惠）予以回饋或補償。
造成財政負面衝擊
第三個問題就是，國土法劃設農地，對農業縣市的財政造成負面衝擊。目前農地實際農用雖課徵田賦，但為促進農業發展與保障農民收益，田賦已經在76年停徵；僅在農地不作農用時，才改課地價稅。
農用之農地，移轉與自然人時，又可申請不課徵土地增值稅。這些稅賦的減免使農縣自主財源（地價稅、土增稅），相對地比都會型的縣市少了許多，造成「富都窮縣」財政差距擴大。
應給予補助
目前對於財政相對困窘的地方政府，應給予不限定用途的一般補助款，以縮小城鄉差距，保障以農業為主的窮縣居民享有最低公共財水準的基本人權。憲法第147條，也規定為謀地方政府之間經濟的平衡發展，中央對貧瘠之省，省對貧瘠之縣，應酌予補助。
因此，建議財政部應比照地價稅對自用住宅給予優惠稅率的作法，以農業縣農地面積推計，在中央統籌分配稅款中以一定比率專門用於補助農業縣。主計總處也可針對農業縣配合國土計畫法的推動，給予「專案補助款」，農業縣可以免於提撥配合款，完全使用於農業、農村和農民。