觀賞魚及周邊產業已成為政府部門宣傳自經區內農業加值好處的樣板，卻忽略過去政府已大力推動過「亞太水族營運中心」，但其成效卻遠落於新加坡之後。若不虛心檢討改進，恐成舊酒裝新瓶，淪為一場空。
國內業者從事觀賞魚繁養殖多年，在部分觀賞水族生物繁養殖技術領先全球，然而觀賞水族種類繁多超過數千種，且市售海水觀賞魚超過9 成來自野生捕撈， 雖有少數幾家經營規模頗具國際水準，也頻在國際比賽獲得佳績， 然缺乏如印尼、菲律賓、越南等國擁有的豐沛野生水族資源與腹地。
【供應鏈不足】
多數商家規模過小，整個產銷供應鏈完整性嚴重不足，儘管政府鼓吹多年，但目前台灣觀賞魚出口值僅356 萬美元，占全球觀賞魚出口值不到0.1%。
加以台灣國際航線有限，想從國外進口觀賞水族，讓台灣成為國際水族交易中心，未免太過樂觀。政府雖在屏東生技園區投資12 億台幣，設置「外銷觀賞魚及水產種苗研發產銷暨物流中心」， 看似面面俱到，實則結構鬆散。
對於觀賞水族管理法規、健康水族檢驗暨認證機制（國際正在發展新的產業－友善－生態標示系統簡稱SMART）、基礎資料庫建立（海關進出口統計仍然以公斤為單位）、完整產銷供應鏈、限制性觀賞魚進出管控、水族種原庫建制、全球觀賞水族疫病管控及市場動態掌握等，都存在很大的改善空間，在國際上並無足夠的發語權。
【恐有高風險】
水族業者係以利潤為導向，對病害防治與雜交育種規範所知有限，在大量引進又缺乏有效管控下，大幅鬆綁相關法規的結果將衍生諸多高風險，如：外來病原菌入侵（皰疹病毒、虹彩病毒、未知病菌等）、雜交育種後，隨意丟棄破壞國內原有物種與生態環境、基改觀賞魚波及其他魚出口、違反全球生物保育協定等， 如何做好管控政府部門，事先需說清楚講明白，不要愚弄民眾。
特別針對基改觀賞魚，學者專家一再提醒，以目前基改技術尚無法達到100% 的不孕，還可能產生基因流布，即將轉殖基因散布到自然界中，危害自然生態；國外對此（特別是活體生物）採取相當嚴格規範，不會輕易放行， 這部分國內需要有嚴格的管控機制，以免影響到台灣養殖水產物的出口。這些問題確實存在，政府部門應誠實面對，別視而不見。