繼有機農產品後市面上也陸續出現各種號稱是有機生產的水產品，儘管售價高出一般水產品甚多，仍然有許多對「有機」情有獨鍾的消費群。
事實上要達到有機水產品的水準所需遵守的規範遠比有機農業複雜（如雜食性與肉食性魚種標準不同），不是輕易可以達成，甚至部分規範還存在爭議，例如：不同國家對魚類生活史當中，生活在「有機」狀態下的比例也有不同規定；加拿大有機魚類必須90％生活史需滿足有機條件，而在美國這部份的要求是95％以上；在歐洲這項規定比較寬鬆，約在60％左右。
海產認證嚴謹
目前在國內外已有多家私人機構從事有機水產品認證 （如德國的Naturland、英國的Social association、瑞典的KRAV、挪威的Debio、澳洲的Bio Entre、IFOAM等），通過認證的種類有限，包括︰鮭魚、鱒魚對蝦、吳郭魚、鱈魚、鯉魚及貽貝等，也各自建立有機水產養殖的生產與認證標準。
其規範的生產SOP都相當嚴謹，包括：地點選定，需選擇適當養殖場所（養殖場地與水源必須遠離各類污染源）；種苗來源，需選擇天然繁育或從無污染水域捕撈的優良種苗，禁止使用多倍體、化學藥物、基改技術以及性荷爾蒙等誘導生產的種苗作為養殖對象；疾病控制以預防為主，治療時須兼顧生物的健康與動物福利，優先考量生物和非化學藥物的治療，禁止使用對人體和生態系統健康有害的抗生素、有機化學消毒劑和農藥等。
有機水產養殖的困境
此外飼料原料來源必須是優質、有機和可持續性；捕撈只能在有機生產規定的範圍內進行且需採不損傷養殖物的捕撈方式等，要完全符合上述規範，其困難度相當高，以至於目前市售有機水產品的數量尚不及總產量的0.1％，主要集中在歐盟市場。
雖有養殖鮭魚成功的案例，然而國內現今實施有機水產養殖所面臨的主要困難在於︰國內水產種苗繁殖場使用人工催熟或人工授精方式來繁殖魚蝦苗的情況相當普遍，造成有機水產種苗取得不易；國內養殖期間發生病害的情況相當普遍，業者習慣使用化學藥劑、抗生素、殺蟲劑等，不符合有機規定，使用疫苗在國內並不普遍。
另外，目前養殖使用飼料中，魚粉魚油比率超出有機標準，且不符合魚粉魚油需來自加工給人類消費魚類加工品的副產物，在台灣尚未有飼料場通過有機水產飼料認證；有機水產飼料的價格高出一般飼料1.5-2倍，再加上放養密度減少（一般集約式養殖，吳郭魚放養密度約為3-5尾/m3，而有機養殖放養密度不超過2尾/m3），壓縮有機養殖的獲利空間；有機水產品供應缺乏穩定性，無法全年以穩定價格銷售，很難盈利。
「仿有機」扼殺發展
有機水產品未來在全球市場有相當大的成長空間，關鍵在於消費者對市售有機水產品的瞭解以及對認證的信賴度。目前國內外雖然都有驗證公司，但驗證品質及水準差參不齊，驗證書面規定與實際做法落差大，消費者往往花了大筆費用買到的卻是「仿有機」，嚴重傷害到消費者對真正有機水產品的信賴度，也阻礙了有機水產品原本在台灣的龐大發展潛能，不僅無助因應貿易自由化衝擊，也扼殺了漁業生機。
有鑑於此，政府相關機構應該建立嚴謹法規制度並徹底執行，不允許陽奉陰違，才能穩步向前，別只顧衝業績，讓有機水產品淪為有機可乘的產品！