藻礁公投連署意外變成藍綠對峙大混戰，原本增加緩慢的連署人數，居然每天新增加5萬份以上，很快就突破了公投法定門檻，環團還拉高標準到了35萬份「安全門檻」。原本在去年年底的時候，當時有時候全台一天收不到500份，沒想到現在會讓民進黨政府彷彿拿到燙手山芋。
綠營帶風向失效
不可諱言地，連署突然快速增加，跟後來國民黨加入發動連署有關，原本許多綠營的網頁或是政治人物，紛紛把矛頭對準國民黨，認為國民黨做政治動員。
接著又把原本發動的環保團體一起扯進去，把環團跟國民黨打成同路人，沒想到這一步卻是走錯了，過去習以為常的風向，這次居然帶不動。環團沒有退讓，藉著國民黨這陣東風，火燒赤壁綠營的大本營。
從這一點能看出，台灣的政治板塊已經出現轉移。國民黨這塊招牌跟進步的民間思潮，不再嚴重扞格，而是有了共存的空間，這一點對台灣的NGO來說至關重要。
環團掌握主動權
過去非政府組織大都只能選擇跟民進黨相伴，主要是因為民進黨過去跟非政府組織較為友好，對於民團推動的價值也更為認同，因此就算民進黨執政，民間團體對其也比較寬容，除了情感因素之外，主要也是缺乏另外的結盟對象，所以只能持續合作下去。
但是這次的藻礁公投，其實民進黨已經執政了第一任四年，又進入了第二任，要再推給國民黨也說不太過去，接著又說國民黨是為了挺核四，才故意支持公投。這些陰謀論或許對國民黨有效，卻對發動的環保團體無效。
老朋友分手的省思
如果注意看，許多網路文章對環保團體罵得極為難聽，但是環團的回應卻相對相當冷靜，這次的議題攻防戰，環團確實掌握了主動權，國民黨的確助攻有效，且是議題沒有隨著政治團體的介入而失焦。
民進黨其實要藉此好好思考，過去環團都跟民進黨合作為多，這次卻選擇獨自前行，民進黨對這些老朋友的態度到底是甚麼？雖然幾位首長都發表了善意的講話，但是許多跟民進黨友善的網路攻訐卻是非常激烈，到底誰代表民進黨的態度？哪一種論述才是真的？
脫鉤政黨不做側翼
環團這次有國民黨的助攻，卻沒有被國民黨的政治訴求裹脅，這證明了，台灣的民間團體終於有了超脫藍綠的機會，也有了跟藍綠同時結盟或是合作的戰略，這一點非常重要，畢竟只有非政府組織能夠不要只能靠向某一邊，才能擁有真正的自主性。
非政府組織不能只是某個政黨的側翼，就如同我們可以看到，這次公投中，許多民間組織出身的政治人物，就顯得態度十分尷尬，反而無法客觀表達意見。政黨的發生能量當然大，民間團體也需要聲量的支援，現在這次國民黨幫忙將環團的訴求放大，放大的是環團的聲音，而不是國民黨的訴求。
對於藻礁公投有不同意見的一方，與其攻擊國民黨，不如務實地回到藻礁公投的主題，跟環團重新展開對話，讓這項攸關公共事務的議題，有圓滿的結果。