中央流行疫情指揮中心最擔心新冠肺炎造成社區傳播，可能會因為海軍磐石艦而出現危機。官兵在船上時就已經出現症狀向醫官反映，為何沒嚴格看待並逐級通報將疫情阻絕於海上？這並非單純隱匿的問題而已，軍中管理存在某些「階級」陋習，疑似是這次艦上把疫情「壓」下來的原因之一。
艦隊出航未請示
敦睦艦隊3艘船從2月就有官兵登艦整備，3月5日啟航，而中央流行疫情指揮中心早在2月27日就提升為一級開設，當時還由總統欽點衛福部長陳時中擔任指揮官，當時國際疫情也已經相當緊張，不只台灣，各邦交國都已經實施邊境管制，防疫如果視同作戰，艦隊出航竟然未請示指揮中心逕自出航，這已經是戰前擅離職守。
即使海軍說只停靠帛琉是因為當地0確診，指揮官陳時中都說各國檢疫量能不同，防疫作為無法保證確診病例確實，要知道帛琉3月8日還必須透過新光醫院，以視訊「隔空」教導如何檢疫再送到台灣，所以是否真無疫情也不得而知。
疫情被「壓」下來？
以目前艦隊官兵確診者是4月12日出現症狀，但海軍陳述船上醫官並未及時通報，且軍醫局在15日官兵下船前複檢都沒事，如果不是船上醫官未具防疫專業，是就疫情疑似被「壓」了下來。
疫情怎麼「壓」？過去服過義務役的男士應該不難知道，一旦證實艦上有確診病例，全艦軍官可能要在艦上接受隔離或檢疫，至少要14天以上不能下船，一次出航幾個月，船艦靠岸的假期就直接報銷了。
至於最早確診的官兵有否受到某些上階長官、學長的「關切」，才會被說是初次上艦頭痛等生理上不適「很常見」，以致疫情不只在艦上擴散，還因為船艦靠岸直接放人，以致全台再度蒙受在可能染疫的陰影之中。
各國軍艦染疫頻傳
國際郵輪染疫事件頻傳，軍艦方面，美軍羅斯福號全艦有585人確診感染新冠肺炎，其中一位士官長不幸殉職。法國戴高樂號航母亦發生將近一半的官兵1千餘人確診，殷鑑不遠，磐石艦竟然還如此大意，雖然陳時中說，如果很多人隱瞞，就會造成混亂，就會在社會埋下很多未爆彈，但如果是感染者沒辦法陳述清楚，或醫師專業判斷不是，都予以尊重。
但如果其中有非關醫師及當事人的其他因素，以致疫情擴散，那事件就沒這麼簡單了，不能再出現像案269及案277觀光局接機事件還有隱情，更不能再重蹈2013年軍中霸凌事件被滅證的覆轍，疫調之外，國防部應該還要啟動內部調查還原事實。