馬總統日前以花生為例，為自經區農業加值讚聲，談話中卻也透露出總統並未觸及核心問題。國內生產的花生用途廣泛，部分亦作為花生醬的原料，既然總統認為台灣花生「生吃」都不夠的話卻，應該要求主管部門透過休耕地活化來增加種植面積和產量，而不只是從國外大量進口原料讓加工廠賺錢，卻讓農民「望花生嘆」， 農業絕不能淪為代工產業。
本土農產原料應優先
對於應否設置農業加值確有許多需要辯正釐清之處，遺憾的是，官方老是把焦點集中在花生和花生醬的爭議，對於應否採取原料來源標示，如何確保本土農產原料優先，如何避免區內農業加工成品非法流入國內市場，如何避免與國產品在國際市場競爭，如何對本土農業有實質幫助等等質疑， 政府部門始終未給予明確回應，明顯避重就輕，無法讓民眾信服。
台灣農業的核心競爭力在於品種、技術、管理、認證等才能生產出優質農產品，使得MIT 品牌在國內外消費者間享有極高的評價， 這是經過多年努力的成果， 也是台灣在面對自由化市場開放的唯一利器，因此需標示原料來源清楚做出區隔（可參考美國有關「原產國標籤」（Country of Origin Labeling，簡稱COOL）規定。
不能讓國外農產原料透過自經區內的農產加工來「借殼」上市，對正宗本土農產品有害，對消費者也有欺騙之嫌。
為MIT 品牌加值
例如區內利用國外原料加工成品如鳳梨酥雖不會威脅到微熱山丘鳳梨酥，但對一般國產品牌鳳梨酥的銷售會有影響；還有「830」項管制中國農產品中如吳郭魚於區內加工成魚片出口，也會產生國外市場競爭的問題等等，不應淪為花生與花生醬之爭。
政府部門施政首要責任在於努力為MIT 品牌加值包括： 品種改良、合理施肥、安全用藥、全面品質認證、建全產銷供應鏈、科技化倉儲與運輸等，再利用「優質農產原料」來推動高附加價值的二級、三級產業並將利潤與第一線生產的農民分享才是重點，日本政府即是採取由農民團體、企業、銀行共同集資來推動農產加工、行銷業務，讓這部分的利潤能與農民共享，提升農民收益。
兼顧利潤分配
若引進農企業能帶動農業升級，提升產業競爭力當然不是壞事，但是如何兼顧「利潤分配」，防止利潤集中在少數人身上，應是政府施政的考量。
自經區內諸多業務涉及到政府公權力的行使如管制性加工（值）後產品須全數外銷，不得流入國內市場，對進口農產原料食用安全與疫（疾）病管控，避免進口屬管制觀賞魚流出，區內成品可掛與不可掛M IT 管控等等，只是看到政府連食米安全，米粉標示都顧不好，要民眾如何相信政府部門有能力把好關。
推動農業加值最大爭議焦點在於對國內農業究竟是利大於弊還是弊大於利，這是專業不是官大學問大的問題，贊成反對雙方均必需拿出具體的證據，接受社會大眾公評，別又淪為口水之爭。