近來農政單位和學者為了推動自由經濟示範區內農業加值會對本土農業帶來多大的經濟損失多所爭執，雙方在數據上各說各話，反讓問題的討論失焦。
政府部門為拼經濟積極推動自經區有相當的急迫感，目的在於鬆綁物流、人流、金流、資訊流及知識流的限制，打造便利經商環境，創造多元經濟效益，而這些並不是當前農業所面臨及迫切需要解決的問題，由於農業事涉敏感的糧食安全和人民生計，硬將農業納入不僅牽強附會也將拖延自經區通過的時程，得不償失。
【農業加值 不利於民】
推動農業加值引發爭議的主要癥結在於對國內農業究竟是利大於弊、弊大於利還是百利無一害，政府相關部門宣稱事先已有詳細的評估規劃，就應該拿出具體的證據讓外界信服，若還只是停留在數據和口號中打轉就不應該硬要全民買單，馬總統應該責成相關部會對外做清楚說明並接受檢驗別重蹈服貿協議的覆轍。
農業加值說穿了就是鼓勵廠商大量進口國外廉價農產原料於區內加工過水，利用MIT優質品牌形象予以加值後出口來擴大台灣農產出口的量值，以目前規劃除了增加少量就業機會外，最大獲利者是廠商，本地農民不但未獲利還要承擔這些非原產MIT所帶來品質和食用安全的風險，農民自然反對。
雖然政府後來也同意廠商可以採契作方式使用本土農產原料卻沒有強制性，然而在商言商基於成本利潤考量，廠商使用國產原料的機率很低，頂多採用「混米」模式來矇騙消費者，讓問題更加複雜化，為此學者專家才一再呼籲政府應該從「原料來源」做區隔。
【加強進口配套與規範】
既然政府強調外商看重的是台灣優質的農產加工技術不妨參考美國有關「原產國標籤」（Country of Origin Labeling，簡稱COOL）規定，只有完全在美國生長的生鮮農產品、肉類、水產等才能貼上「美國製造」標籤，其他則應標示原料來源國；日前通過的韓加FTA也針對農產品原產地標識做出規範以保護本土農業也兼顧消費者權益。
此外，政府擬透過農產加值為原列禁止進口的中國830項農產品解套是有討論空間，只是如何避免流入國內市場衝擊在地農業，政府既無有效的管制措施，對於違規廠商也無遏止性的罰責，對此業界反彈聲浪大，政府部門需有完整的配套。
若政府堅持非推動農業加值不可，應先規範進口農產原料種類，考慮優先進口國內沒有生產的農產品原料，避免對本土農業帶來直接衝擊。藉由國內或國外廠商帶入優質加工技術和完整的行銷規劃，創造出如瑞士蓮巧克力、日本UCC咖啡般名聞國際的品牌，為台灣農業開拓出新的商機。別再落入無謂的口水之爭。
【應積極向民眾說明】
農業問題敏感但是在許多國際經貿會議談判卻又無法避免，當務之急應先進行國內農業改革和結構調整，提高農業競爭力。日本政府為加入TPP除由首相安倍晉三親自向農民說明外，也要求各部會官員組成遊說團積極下鄉和農民溝通爭取支持。
美國總統歐巴馬在簽署2014至2018年農業法案後也藉由到大學演講場合公開說明美國政府將盡力擴大農產品出口和創造就業機會來提高小農收益。建議馬總統除了宣示通過服貿協議和加入TPP的決心外，也能向農民以及可能受衝擊的業者提出會確保他們權益的公開承諾，並拿出具體行動來化解民眾的憂心，恐怕才是化解朝野僵局的良策。