媒體報導行政院有意啟動新一波組織改造，要將科技部改回國科會，並另成立數位發展部等。因科技部是否改回國科會牽涉到國家科技力量的發展，科技經費的分配使用，事關台灣體質轉型與競爭力，已引起科技界與學者的普遍關注。
新出版的「科學月刊」與「科技報導」聯合專訪了陳建仁、張善政、陳良基三位前任國科會、科技部首長，他們都贊同將科技部改回國科會。
政院一級機關分類
從政府組織的原理面考察，我們認為，國科會的整合功能其實比科技部的執行功能更為重要。行政院的一級機關分為三大類，分別是：(1)政策單位執行、(2)政策統合單位，(3)獨立機關。
第一類與人民直接接觸，例如教育部、經濟部、交通部等。第二類單位如國家發展委員會、原能會、客委會，以前的研考會、經建會、公共工程委員會等，負責行政院內部的政策整合與執行，含有較多的幕僚機關性質。
第三類，是獨立於黨派、政黨政治之外的選委會、飛安會等單位。通常第一類機關掌管預算多，人員與機構也龐大，讓人有個錯覺，認為地位較高，其實，就行政院原來的組織設計而言，政務委員與委員會的功能與角色高於部長，只是，在政治現場，因為手下沒有大預算，如未受行政院長支持重用，有時形同投閒置散、酬庸素餐。
科技部定位不明
科技部六年以來有很多坎坷，科學界、技術界、學界都有很多抱怨，主因是科技部成為「執行單位」以後，與經濟部、衛福部，乃至總統府轄下的「中研院」多頭馬車，疊床架屋，而法令扞格，相互爭奪預算，科技部本身定位飄搖，政策多變，莫衷一是。
以去年的科技預算與執行為例，科技部使用420億，經濟部的「科專」預算280億，中研院110億，衛福部與農委會也各有40多億，加上另外各單位的科技相關花費，總值超過1000多億新台幣。
比拼人脈沒了溝通
在原來「國科會」的「委員制」時代，經濟部、中研院院長、教育部長等都是「國家科學發展委員」，大家有個平台可以討論，主管科技的政務委員（通常也擔任國科會主任委員）可以藉委員會的職能與位階達成整合，齊一標準，甚而分配預算，執行管考，現在都落空了，各部會的科研單位平起平坐，比賽誰跟立法院關係好好，誰能爭取更多預算，誰是老大。
前副總統陳建仁，中研院院士，也曾擔任2006─2008年的國科會主委，有很深的感觸與實務經驗，他認為科技部改為國科會的話，好的國科會主任委員要（1）了解基礎科學與科技應用的上下游關係，平衡配置，（2）要善於協調溝通，（3）要能在立法院捍衛預算，不只是下屬的科技園區、法人，還有其他各部會的科技預算。
他引用教宗方濟各的話：「好的領導者要像一個好的牧羊人，要沾染羊群的氣息」。我們認為，國科會主委，而非科技部長，才能做為國家科技的好牧羊人，而科技部長，頂多只能是個「領頭羊」。