台灣政府一再強調加入TPP對台灣經濟發展的重要性，然而除了口頭宣示外，政府部門是否已經做好充分準備來因應可能對部分產業造成的衝擊，才是關鍵所在。
【日採多項因應措施】
以農業為例，日本正在參與談判的跨太平洋經濟合作協定（TPP）一旦達成，日本農産品將捲入與海外的激烈競爭（台灣亦同）。為此日本政府一方面透過不斷的折衝談判為主要農產品如稻米、豬肉、牛肉、乳品等爭取到最大緩衝時間將衝擊降至最低（例如日本計劃用10年以上時間將牛肉的進口關稅由目前的38.5％分階段降至10％左右；要求當豬牛肉進口量出現激增時，日本有權實施提高關稅的「緊急進口限制措施」等）。
一方面進行農業大改革，不僅廢除全國農業協同組合中央會（簡稱：JA全中）對日本全國地方農協的監督和指導權，讓日本各個地方的農協可以發揮獨立自主性，更推出農產品出口振興政策（計畫到2020年讓日本農產品的出口增長一倍，至1兆日圓）並採取積極進攻的態度，將過去優先保護小型農戶的政策轉變為以提高生產力和加強競爭力為根本，實現「提升農業魅力」、「讓農業成為成長型產業」等目標的農業政策。
【制定食安倡議】
為了達到出口目標，日本政府除了積極推動外國放寬對日本農産品等的進口限制，包括與進口禁止日本牛的墨西哥、印尼和越南等國簽署檢疫協議外，針對出口市場超過70%集中在香港和泰國等亞洲國家，歐美市場只佔20%左右，為開拓薄弱的歐美市場，日本政府計劃于2016年前制定符合國際組織「全球食品安全倡議」（Global Food Safety Initiative，GFSI）（由歐盟零售商於2000提出全球食品安全倡議）認可的新農産品安全保證認證制度。
主因在於GFSI是由達能、可口可樂等約400家跨國性企業組成的團體並以歐美為中心，希望達到「一次認證，全球認可」的目標有很高的國際知名度，日本農戶和農場若能取得該項認可將更有利於出口。
食品安全涵蓋範圍包括：生產、加工、運輸、物流、販售等流程的全程管理，而GFSI對於食品安全要求除了賣場與物流管理（GSP/GDP）以及生產工廠之作業管理（GMP/HACCP）更強調原料栽種的生產管理（GAP）才能構成一個完備的食品安全管理系統，較單獨實施ISO9000、HACCP或 GAP來的有效，但GFSI並不建立新的標準，而是透過建立基準對現有的食品安全標準進行檢查，該制度亦將強化對民間認驗機構的監查。
【原料栽種也管理】
台灣想要加入TPP或與其他國家簽定FTA，勢必要面對國內農產品市場開放與關稅減讓等議題，而台灣農業屬於小農結構不具經濟規模，加以國外農產品普遍生產成本低廉、供應量龐大具規模經濟與定價優勢，隨著全球貿易自由化的攻城掠地，國內農業生存環境將遭到嚴重壓縮，台灣必須強化本土農產品在國內外市場的競爭力，特別是台灣接二連三發生黑心食品公安事件，凸顯當前政府所推動的吉園圃、GMP、CAS、產銷履歷等認證在認驗證嚴謹度與考核制度、事後查核等仍存在諸多缺點。
正值國內民眾對認證與政府執行力失去信心之際，或許實施GFSI認可制度與國際規範接軌應是因應加入TPP與解決食安的可行方法。