即將推行的房地合一實價課稅，是馬政府少數取得了近六成高支持度民意的重大政策。然而，將房地合一稅收撥出一定比例，納列興建社會住宅的財源以及租金補貼，作為「社會住宅基金」的政策配套，卻造成財政部「統收統支」、與行政院「專款專用」的不同意見，產生了稅收稅用的制度性抉擇問題。
財政部所主張的「統收統支」政策配套，係考量在各機關稅費收入收取與經費支用的時點落差下，由國庫統一調度，具彈性、減輕調度資金的利息負擔，是一種強調「稅用效率」的制度邏輯。
若選擇採行財政部的「統收統支」主張，根本理由係將「社會住宅基金」的收入及支出均來自於社會大眾，並沒有收入及支出的特定對象， 視為是一種普通基金，也因此沒有專款專用的必要性。
【落實目標應專用】
但是，行政院推動房地合一實價課稅的「社會住宅基金」，本質上是一種為達成「照顧弱勢」與落實「居住正義」的特定目標政策，而規劃成立的「專款專用特種基金」。例如：課徵環境污染稅所成立之空氣汙染防治基金、農業發展基金、原住民族綜合發展基金…等等，都是為落實特定目標政策而成立的基金。
換句話說，特種社會住宅基金的成立與設置，係在基於有效回應及滿足部分特定社會對象需求的政策目的， 那麼就不能單純只是從傳統財政上的使用效率、調度資金一致性予以考量，而是必須從一個整體政策的「資源配置」角度予以設計而「專款專用」。
【兩層制度意義】
再者，若採行財政部的「統收統支」主張，社會住宅基金的配置使用，只能在總支出水準下，了解特定對象對於該政策的偏好程度，就不能進一步對個別對象作出補貼選擇；但是，選擇「專款專用」的做法，就比較可以了解到這些政策特定對象對於不同補貼項目的不同偏好，也比較能精確地反映政策特定對象的滿足程度。
此外，「社會住宅基金」若能採行「專款專用」，還有兩層制度性意義。其一「提升稅金利用透明度」，相較於統收統支制度，納稅人可以比較明確知道，政府是如何使用及配置自己所繳納的稅金；其二也可以促進個別需求目標的保障。
事實上，不論是政府支出還是課稅，其最終目的還是在於滿足社會大眾的需要，只有「強調稅用效率」的「統收統支」，係項不足以適用的作法選擇，財政部的主張只是一種行政效率；相對地，行政院所主張「專款專用的特種社會住宅基金」，是一種「稅收效能、稅用效率」的制度性思維，不只必要而且充分。
因此，具多數民眾支持的重大政府政策必須堅持也該要維護，落實房地合一實價課稅政策的經費配套抉擇， 當然要「專款專用」。