申請科技部計畫是大學教授證明自己研究能力的重要指標，通過與否非常重要。科技部計畫審查目前採「單盲」制，申請人不知審查人身分，但審查人知道申請人身分。為避免人情、先入為主等因素影響，增加公平性，科技部擬試行「雙盲審查」，審查人與申請人互為匿名。
因為審查總要看看申請人過去的表現，一看過去發表的論文就可以馬上查出申請人是誰，所以計畫的雙盲審查基本上是不可能的。審查計畫不像期刊論文的審查，只能看到文章，沒有其他資料，所以審查期刊論文可以雙盲。
建立迴避機制
其實科技部已經建立了迴避原則，如果審查者和申請人之間有任何的關係，審查者可以自己申請迴避，雖然這必須審查者的自發行為，但大部分的審查者應該都會遵循一些必須迴避的狀況，所以科技部的雙盲審查也不太需要。
所以改革的重點，是在加強一開始計畫書的品質和事後計畫執行的成效。現在很多期刊都建立審查內容雷同百分比的機制，當有論文投稿，第一步就是透過比對軟體查看看此投稿論文的內容有百分之多少是和網路上的文章雷同，若超過一定的比例，可以馬上拒絕，不用再透過審查，科技部至少可以把申請計畫書的內容先來做個比對吧。
接下來的重點在於專案研究計畫是否有認真執行，研究報告的品質如何。很遺憾的是，政府的很多專案事前沒有嚴格的審查，靠關係給計畫，事後亦未有仔細的評估，委外專案變成純粹消化預算和一種關係的維持，研究報告當然就難逃束之高閣的命運。
各部會應統一資料
造成研究報告品質低落現象的另一個重要原因是，政府多數的研究計畫由少數的教授壟斷把持，爲了避免少數大牌教授執行太多計畫，科技部很早就開始實施每位教授每年最多兩件計畫的規定，但政府各部門間缺少橫向的聯繫，所以大牌教授可以國科會接兩個計畫，衛生署接一個，農委會再接一個等等。
如果行政院能有一個統一的計畫資料庫，以便核對各教授在各政府部門所接計畫的題目和個數，這樣不僅可以避免同一教授計畫接太多，也不會有一魚兩吃(同一計畫向不同單位申請)的現象。
也應有兩位外審
這個統一的資料庫還可以讓各部會的計畫審查制度變的更透明和客觀，只要把教授歷年研究計畫的報告放到資料庫，並要求每件計畫至少要送給兩到三位外審，讓計畫的審查人可以了解計畫申請人過去做了哪些計畫，現在正在做哪些計畫，計畫研究報告的品質如何等客觀的資料，這樣才能建立起公平客觀且公正的計畫委託制度。
政府透過專案計畫的委託來徵求專家學者對施政的意見，教授們也透過專案計畫的執行來對政府建言，但如何讓這整個過程變的透明嚴謹，讓其發揮最大的效益，就要靠制度面來好好設計，不僅讓政府經費花的有用，計畫委託制度也才真正對政府和人民有益。