中選會已於日前完成公民投票公報發送作業。不過，中選會在公報內容加註政府機關意見書，不但扭曲公投原有意旨，更有影響人民公投意向之虞，因此相關公投發起單位已向台北高等行政法院聲請停止執行獲准，中選會應立即收回大約900萬份的公報並加以更新。
抗告結果前投票就結束
不過，中選會決定提出抗告，並強調在抗告結果出爐前，不會收回已發出的公投公報。抗告要花上一定的時間，目前距離選舉只剩幾天，很可能在抗告有結果之前，投票已經結束。事實上，依法律規定，抗告程序不影響北高行裁定的效力，因此中選會應該要執行。
這個事件的爭議點有二。第一，按《公投法》規定，行政機關對公投案的意見應該在投票日前28天公告，中選會在11月2日重新公告，距離投票日11月24日明顯不足28日。
政院有意誤導民眾
第二，公投公報上刊載行政機關意見，可能會影響投票人的判斷。以「下一代幸福聯盟」所發起「愛家公投」為例，中選會在公投公報上加註的行政院意見內容包括：1，憲法保障同性間得以結婚之權利…，不會因這次公投結果而有所變更；2，本案若獲通過，政府將尊重依法所進行公投結果，並依司法院釋字第 748 號解釋意旨，進行同性婚姻相關法規修正工作並送立法院議決。
愛家公投是以《民法》婚姻規定以外的其他形式，如立《伴侶法》、《同性共同生活專法》等，來保障同性間的相關權益，並不是要推「同性婚姻」。行政院的意見書顯然錯誤解讀提案的目的，誤導民眾。
北高行合議庭認為，中選會的公告放上選舉公報，將無法真實反應民意，一旦投票結果造成的結果，若有損害也將無法回復，因此裁定停止執行原處分，即不得刊登。
中選會明顯偏袒
此外，反核食公投的公報同樣也出現重新公告的問題，並且新公告的內容加上了行政院的意見書，載明日本核災食品進口後，政府會嚴格把關。中選會是執行選舉的單位，不應該允許公報出現這種明顯有「帶風向」意圖的文字。
中選會一路走來，很多做法都讓外界質疑其是否嚴守行政中立。之前不同意「以核養綠」公投補件，後來北高行裁定這項公投案可以補件，中選會才勉予接受。
公投爭議恐難善了
由於中選會根本不甩北高行針對愛家公投的聲請所做出正式的裁定，因此，同樣被中選會用新公告暗箭所傷的反核食公投發起單位國民黨，已到監察院舉發中選會主委陳英鈐、副主委陳朝建違法瀆職，並前往台北地檢署告發妨害公投。但如果中選會依然我行我素，告發的行動也將緩不濟急。
今年有10個公投案，投／開／計票的過程本來就已經夠複雜了，如今中選會又有這麼多爭議行為，公投後會出現多少紛爭，實在讓人非常擔心。