自經區非台灣獨創，在許多國家早已實施多年， 其中有成功也有失敗的案例，從國外成功經驗發現， 除了事前需要有縝密規劃慎選開放項目，做好部會間協調整合外，也會提出具體作法與利害相關行業以及在野黨做充份溝通， 找出最大公約數，讓自經區順利運轉。
事前功課不足
像日本政府為招商引資， 給當地經濟帶來新活力， 也積極設置「特區」，不但注重指定地區，更重視挑選產業，甄選過程由下而上，目前中選的六大「國家戰略特區」（將放寬16 項限制），共同特色是這些地區的地方政府對改革態度相當積極，配合度高， 有利特區推動，而不是如台灣政府般專斷獨行，甚至以刪除示範區來逼不同政黨的地方首長表態，以私害公引發民眾更大的惡感。
國內擬設置自經區研議多年卻遲遲未見落實，該讓哪些產業先行，理應事先經過詳細規劃評估，才能打響第一炮，達到事半功倍的效果。遺憾的是， 政府部門事前功課做的不足，事後在面對外界質疑時又缺乏足夠的說服力， 特別是將攸關民生、國安的農業納入自經區示範項目之一，做出大幅鬆綁， 已經埋下衝突的引信，也註定該自經區的坎坷命運。
自經區納入農業加值， 政府部門所持理由除了要「做大原有的餅」以及「創造一個新的餅」外，還有一個未明言的原因，是要為原本管制進口的中國大陸830 項農產品解套，開放讓這些農產品以原料名義進入自經區，以避開兩岸貨貿談判可能被迫做出的退讓。
應致力本土「鍍金」
對於這些說辭，外界有相當多的質疑，例如政府一再提到由國外進口農產原料到區內加工，可以增加台灣農產品出口量值並增加就業機會，但農民困惑的是政府雖也允許區內廠商使用本土農產原料，卻沒有強制性， 廠商使用國產原料的機率自然很低，這樣的做法最大獲利者是廠商。學者專家也認為政府部門要把農業的餅作大，應該致力於本土「純金」MIT 農產品國際市場的開拓，而不是將有限的人力、經費用在「鍍金」MIT 市場的開發。
另，對於現行管制中國大陸「830」項農產品，究竟應該隨著時空背景轉換、產業結構調整、市場供需、生產意願轉變等做適度調整開放（例如台灣本地沒有生產，而市場需求量大的品項，像是蘋果、奇異果、櫻桃、香梨、小麥、藍莓等）， 還是採取於自經區內准入做法對台灣農業有利，政府相關部門應該經過詳細政策評估並適時對外說明，以平息爭議。
為求「自由經濟示範區特別條例草案」能順利過關， 政府部門不妨重新審視現有五大示範產業：「智慧物流」、「國際健康」、「農業加值」、「金融服務」、「教育創新」，讓「智慧物流」、「金融服務」、「教育創新」先行，好讓自由經濟示範區儘快上路，只要能做出成績相信會獲得廣大民眾支持，其他產業也會主動要求納入，自然水到渠成， 相信會比將法案強渡關山來得更得民心。