指揮中心近期爭議不斷，包括疫苗封存30年、擋民間購買疫苗爭議、未進口BA.5次世代疫苗等（尤其是疫苗封存與擋慈濟購買疫苗）都是指揮中心被翻出來的舊帳，感覺是項莊舞劍，意在「陳時中」，試圖打擊民進黨的選情。
但指揮中心都是由派出指揮官王必勝出面澄清，甚至是連續兩、三日在談同樣的事情，而且還不是回應媒體提問，而是主動製作手板，向社會大眾釐清狀況。隨著選情與疫情的雙重升溫，指揮中心的重心應該還是在疫情、疫苗等狀況，而不斷澄清與選情有關的爭議，難免有政治打手的嫌疑。
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