【台灣醒報記者張元融台北報導】針對媒體報導，總統永和官邸儼然淪為「菸品發貨中心」一事。總統府嚴正否認此事表示，檢方是去特勤宿舍偵辦，並強調該報導刻意混淆「勤員職務宿舍」為「總統寓所」。另外，蔡總統也於25日中午首度召開記者會表示，此事是長期累積陋習，看到國家管理體制鬆散，令人難以忍受。
媒體爆料：官邸發貨
中國時報25日上午發布《總統府派車運私菸！總統官邸淪發貨中心》一文指出，國安局少校吳宗憲、張恒嘉在蔡出訪前2周就開放登記下訂，且這9800條菸原計畫運往官邸暫放，再通知下訂單位到官邸「領貨」，總統永和官邸儼然淪為「菸品發貨中心」。
此文指出，「到機場接運貨物與免稅菸的車輛」，原訂路線是直接開回總統官邸，再分裝出貨。並表示，24日當晚接獲爆料後，即向總統府副祕書長書劉建忻、總統府發言人張惇涵等人求證，均未獲回應。
總統府發言人丁允恭24日曾表示：「當日相關勤務車輛（總統府借用、特勤車輛）是由總統府侍衛室調派；至於細節，因涉及司法調查，由司法機關說明。」
蔡：外交表現很好
總統府25日早上發聲明表示，蔡總統已在事發第一時間下令配合司法調查，因此為配合檢方調查國安局人員超買免稅菸品案，24日晚在經台北地檢署聯繫後，本府政風人員協助檢察官等人員，前往特勤人員之職務宿舍，取得遭聲押者的個人相關物品，協助檢方的偵辦行動。總統府強調，會不迴避、不護短配合司法。
「外交人員表現非常好，社會要給肯定。」蔡英文表示，這次出訪12天，是有史以來最長的一次出訪，成果相當豐碩，第一線外交人員都非常辛苦，卻因為此事導致努力的成果被失焦，甚至被掩蓋，她對此表達歉意。
蔡英文表示，已要求新任國安局長邱國正在一週內提出完整報告。她強調，已指示全部涉案的機關接受司法機關徹底清查，並進行內部檢討、人事調整，她下令所有的單位都要配合司法機關的偵查跟辦理。
此外，交部次長王國材於24日晚進駐華航3小時後，華航終於交出相關資料。據蘋果日報引述華航資料，總統專機2014年迄今，出訪時訂購的免稅菸總數達3.5萬條；至於更早期的資料，華航稱因「2013年更換電腦系統」，資料庫內已找不到。蘋果日報指出，若以市價轉售3.5萬條免稅菸，估算可獲利約2千萬元。
