日本媒體報導報導去年12月至今年1月投入當地水產養殖池的6.2公噸日本鰻魚苗中約5公噸（80%），係從香港進口，但香港並沒有從事鰻苗捕撈，因此遭質疑這批鰻苗多數係由台灣非法輸出。蔡政府如果認為這是假訊息，有礙台灣海關的名譽，擾亂日本鰻的鰻苗行情，理應要求日本報導該新聞的媒體公開更正以正視聽。
這些年來日本鰻鰻苗資源已經呈現減少趨勢，包括人為濫捕、 氣候變遷、海洋暖化、河川海域棲地遭破壞、天然餌料數量減少等等都是可能的原因，導致野生日本鰻鰻苗更加珍貴，為了確保鰻魚養殖及相關產業如飼料 、藥品、加工、貿易、餐館等穩定發展，中台日韓等主要鰻苗生產國家，均加強對鰻苗資源的保育。
台灣政府為了保護寶貴的鰻苗資源，不僅規定每年3月1日起到10月31日止為禁漁期，禁止捕撈鰻魚苗並訂定罰則，亦規定從事捕撈鰻苗業者須向當地區漁會辦理登記並填報漁撈日誌（包括捕撈地點、方法、捕撈數量）由漁會彙整，養鰻業者也須申報，但是並未落實且未限制捕撈數量，國內鰻苗捕獲量統計數字仍有落差，影響到鰻魚產業管理。政府應努力提高相關統計資料的準確性並加強管控。
受到氣候因素影響，日本當地養鰻業者，需儘早放養鰻苗，好趕上日本「鰻丑日」民眾習慣食用鰻魚的習俗，商人乃四處高價收購，利之所趨，導致台灣每年前期捕撈鰻魚苗，由不肖商人透過小三通或飛機走私到日本圖利，這樣的做法行之多年也引來日本社會暨媒體的關注，希望鰻苗來源及交易能透明化，正常化，日本政府及鰻業界正積極回應這樣的訴求。
特別是CITES及IUCN等國際組織已注意到東亞地區鰻苗非法貿易問題，台灣相關單位包括漁業署、關務署、海巡署、法務部調查局等必須正視此問題的嚴重性，拿出具體防杜走私的辦法（如加強查緝、提高罰則、獎勵檢舉等等）。
這些年因鰻苗數量銳減以及走私出口，導致鰻苗價格高漲，養鰻業者叫苦連天，也影響到相關產業的經營。儘管我國養鰻界已經表明反對開放台灣鰻苗出口，政府相關單位竟然還在研議開放我國鰻苗出口到日本的相關措施，希望蔡政府能善從如流繼續禁止鰻苗出口，並防止國內寶貴鰻魚苗被盜賣。
日本政府為解決日本鰻苗短缺問題，除加強管理外，該國學者已經成功確立日本鰻魚完全養殖技術，但尚無法達到商業化生產規模。
同樣屬於重要養鰻地區，台灣水產科研機構，卻始終無法跟上日本科研的腳步，政府應該將日本鰻完全人工養殖，列入重點突破項目，積極盤點整合相關研究經費及人力，全力衝刺，以避免將來面臨無鰻苗可養的窘境！
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