利益衝突是擔心因為一個人的身份或關係，牽涉到不同的利益或立場，致使一個人的判斷或行為可能有偏差。最常談的是財務上的利益，例如研究者測試藥物，自己又是藥廠的股東或主管，如此測試結果就未必客觀。
真實或明顯衝突
利益衝突可以是真實的(real)或是明顯的(apparent)，所謂明顯，意指一般理性的人會認為該種狀況或關係可能會影響此人的客觀判斷。關鍵應是偏頗的判斷是否帶來對當事人「個人」之「不當」利益。
「可能」影響判斷，未必就一定有偏差，但應盡量避免。一般有兩種作法，一是迴避（不參與該項決策），一是揭露（由別人判斷，例如研究者公開演講時需要先說明自己（演講內容）跟某家藥廠有什麼關係，所報告內容是否可靠交由聽眾自行判斷。或是由審查會決定該審查委員是否需要迴避審查相關案件。）。
定義不清難查證
哪些關係需要迴避或揭露？一般有明確規範的都是可以查證的關係（如師生、親屬、從屬、合作者）。在「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」中規定需要迴避為：與候選人有配偶、三親等內之血親或姻親或曾有此關係，有學位論文指導之師生關係。
出問題的是又加了一條定義不清的「有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞者」。有很多關係可能影響遴選委員對於候選人的判斷，但這些關係不易查證也無法一一列舉規範。
要求候選人或遴選委員於「事前」自行揭露未具體界定的各種可能利衝關係，是不實際的。我相信以台大校長遴選為例，21位遴選委員與8位候選人之間必然有各種關係可以被外界解讀為可能影響其遴選判斷，在遴選之後針對單一獲選人海搜起底，是不公平的。
了解候選人的必要性
如果教育部以此程序瑕疵為理由要求遴選委員會重新開會投票，或是解散遴選委員會重起遴選程序，是否該以同樣標準要求所有大學校長遴選委員與候選人都揭露可能的利衝關係？
遴選委員是否會因各種私人關係而影響其對候選人的判斷？這是必然也無須避免的。遴選大學校長跟司法審判的陪審團不同，遴選委員對於候選人必然有些瞭解（直接或間接），也難免事前即有一些心證。所有這些關係也很難說會造成正面或負面的判斷。
管案難謂利益關係
管中閔為台灣大哥大獨董，蔡明興為台哥大副董事長，所謂利益是指管擔任台大校長會給台哥大或蔡明興個人帶來什麼好處嗎？台大會與台哥大作產學合作？因為有個台大校長擔任獨董（但獲選即已辭職）對台哥大公司名聲有益？似乎可能是台大會向台哥大募款，反而台大才可能是獲利者。所以很難想像台大與台哥大會有什麼獨特且不當的利益輸送關係。