自由經濟示範區應否納入「農業加值」，爭議持續發燒，雖然在野黨杯葛是原因之一，但是政府部門對於外界提出的諸多質疑，迄今仍未能清楚說明讓民眾放心，恐怕才是問題關鍵所在， 如此也讓「自由經濟示範區特別條例草案」的通過仍充滿變數， 這終非國家、民眾之福。
農業餅為誰做大？
政府一再提到在自由經濟示範區內設置加工廠，由國外進口農產原料到區內加工可以增加台灣農產品出口量值並增加就業機會，可以把農業的餅做大。然而民眾想問的是，這樣的做法誰是最大的獲利者，廠商？中間商？ 貿易商？還是國內農民？
這也是近年來政府在簽定經濟合作協議時備受質疑之處，利大於弊的利由少數財團企業獲得， 而弊則是由弱勢產業承擔所影響的是全家生計，該如何合理分配利潤讓全民共享，恐怕是政府部門優先要面對解決的問題。
在農業整個產業供應鏈中從事第一線生產的農民，收入平均年專業所得不到20 萬元，遠低於前端的種苗生產研發與後端品牌行銷，且二級、三級產業創造的附加價值，也遠高於初級產業（日本產值差距達10倍之多）， 但是別忘了優質農產原料是農產加值的根本，也是台灣農業的核心競爭力。
日號召集資助農業
日本政府為因應貿易自由化衝擊，強化農業競爭力，全力推動農業六級化﹝生產× 加工× 行銷﹞，他們的作法係由農民團體、企業、銀行共同集資一起來推動農產加工、行銷業務，讓這部分的利潤能與農民共享，提升農民收益。
反觀，台灣政府所推動的「新價值鏈農業」部分，則是想透過自由經濟示範區內農產加值引進外企，造成增產假象，並將農業價值延伸利潤歸給企業、廠商， 而不是和農民分享。
這樣的作法有利於食品加工業，對台灣本土農業幫助卻相當有限，政府部門不應高舉「愛農」大旗來為農業加值擦脂抹粉，難怪外界批評現任行政院農委會主委重視的是資本農業而不是一般小農。
標示原料來源區隔
同時，外界也質疑利用大量進口國外廉價農產原料於區內加工過水，透過MIT 優質品牌加持後出口，這樣的產品充其量只能算是「鍍金」的MIT，需知本土農產品能成為金字招牌，主要關鍵在於優質的核心原料、加工以及行銷優勢，加以消費者無法從外觀做出區別，對台灣本土農業當然會造成負面影響。
為此，學者專家一再建議應該從標示「原料來源」來做區隔； 尤其考量到台灣農業受到水土資源有限、生產成本不斷升高、農業經營規模偏低等限制，政府部門要把農業的餅作大，應該致力於將本土「純金」MIT 農產品國際市場的開拓，而不是將有限的人力、經費用在「鍍金」MIT 市場的開發。對此政府部門始終不願給予正面回應，農民團體當然持續抗爭。
政府若堅持非推動農業加值不可，不妨先規範進口農產原料種類，優先放行國內沒有生產的農產品原料，避免對本土農業帶來直接衝擊，並藉由國內或國外廠商優質加工技術和完整的行銷規劃，創造出如瑞士蓮巧克力、日本UCC 咖啡般名聞國際的品牌， 才能讓「MIT」更能發揮加乘效果。