蘭嶼核廢料該怎麼處理，一直是個棘手的問題。近日原轉會公布最新蘭嶼史料 ，核廢料貯存場當年是以「軍事用地」機密動工，蘭嶼居民事前並不知情。當年選址是考量蘭嶼人口較少（約2000人），所以才將核廢料放置此處，顯然當年決策者出於功利考量，且心態上把原住民當成外人，其心可議。
唯核廢料貯存至今已30多年，雖然也給蘭嶼居民水電及其他各種補助，但居民仍希望核廢料能遷出，雖然政府也承諾，但就目前國內的氛圍，幾乎可以肯定，即使祭出高額補助，也找不到任何縣市願提供土地貯存這批核廢料，有人提議太平島，但這勢必引來周邊各國的抗議。若給錢移至他國代為處理，又被譏為以鄰為壑，影響國際形象。30年來始終找不到更好的最終處理手段。
換個角度想，就整體台灣現有的三座核電廠分佈，其中核一跟核二距離台北都會區直線距離在30公里以內，兩座周邊的人口數達500萬人。核電廠本身的危險性比核廢料廠高，照這樣講，蘭嶼遠在台東外海，就距離而言，如果真有核災發生，蘭嶼的地理位置反而比較安全，真正危險之地是北台灣，且很難疏散。
但北台灣的居民除了石門萬里核電廠附近的居民有類似的補助以外，其他人是共享核能的好處，但也共同承擔核能的危險與憂慮。如果蘭嶼核廢料找不到最終貯存處，則可以肯定核一二廠除役後，該核廢料恐只能放在廠區內了。
蘭嶼核廢料存放是民國67年一紙公文所決定，唯當時屬於威權統治，且是以軍事用地的欺騙手段達成，欠缺正當性，該行政處分應屬無效，但若是在找不到貯存場地的情況下仍要遷出，似影響公益甚大，於今之計，基於法安定性，政府不妨訂個時程，以誠意遊說蘭嶼民眾接受該地成為最終貯存場，過程應透明公開。
以瑞士成功的案例，該國小鎮利尼根同意該國核廢料埋藏在鎮內，且不必任何補償，目前三座核電廠的廢料也同此辦理，公佈各項選址地點，把何以選址該處的理由明敘，由社會大致可接受有公正性的人士出面掛保證，最終由該地民眾公投決定。
只是北台灣的民眾也得有心理準備，一旦最終貯存場無法決定，即使核電廠除役了，核廢料就是一直放在廠內， 這是享受核能發電的代價，無法逃避。