市售雞蛋被檢出戴奧辛含量超標逾兩個月，政府相關機構才查出是彰化鴻彰蛋雞場惹禍，至於戴奧辛如何進入蛋裡，迄今仍然未知，政府的專業能力，備受考驗。
部門協調整合待加強
此次政府公布時機是否恰當受到外界質疑。衛福部長雖然強調「食安第一、主動透明」，但是檢驗機構2月即檢出問題蛋，為何遲至4月中才公布？既已延宕多時，加以官員和學者都宣稱就算吃到戴奧辛雞蛋，其毒量仍於安全容許範圍內，為何不能等找到汙染源並備妥配套措施再一起公布，可以降低消費者疑慮。
衛福部應在成大檢驗團隊驗出遭汙染的雞蛋後，立即會同相關單位至蛋場針對雞蛋、雞肉、水 、空氣、飼料等等採取足夠樣本進行複驗，確認超過比率的雞蛋含超量戴奧辛且確實找出汙染源後，再公開毒蛋事件以及後續措施，才能讓民眾安心，由此可看出，政府相關部會的協調整合有待加強。
在發生戴奧辛蛋事件後，外界才知悉長期以來行政主管機關並未訂定國內飼料的戴奧辛殘留標準，也無罰則且戴奧辛亦未列入政府力推的CAS及產銷履歷檢驗項目，這樣的食安把關機制顯有漏洞，監察委員將深入調查。亡羊補牢，政府相關單位必須立刻進行全面性的檢討修正並加強市售飼料檢驗（包括水產飼料有無違法添加物等），避免類似事件再度發生。
工廠農地排汙難稽查
多年來國內許多農田與工廠混在一起，甚至將工廠直接蓋在農地上面，在缺乏資金與除汙設備裝置處理，加以政府稽查人力不足，偷偷將有毒的重金屬與化學藥劑，排放到農田灌溉渠道，這些汙染透過食物鏈的累積，形成另一種隱形殺手。
許多人質疑國人罹癌比率年年創新高，可能跟國內空氣、飲用水等遭到汙染，以及食物中殘留過多的農藥、抗生素、生長激素、重金屬等有關，只是目前尚未有直接的證據證明，兩者間有直接相關性，讓民眾求無門。而民眾除了自求多福外，似乎也無計可施，相當無奈，若樣樣都要靠老百姓自己來生產，政府功能何在？
蔡政府一再強調會落實食安五環，讓食品安全成為台灣的驕傲。然而從近來蔡政府一連串措施如：擬開放日本核食進口、放寬農藥使用及殘留標準、放寬校園營養午餐認證等等，都讓外界質疑政府為了經濟利益犧牲國人健康。面對戴奧辛汙染帶出的食安盲點，蔡政府必須直面問題，別想船過水無痕，小心翻船！