近年來海洋漁業資源日漸枯竭，國際間要求加強保育留給下一代的聲浪四起。只是在商業利益的考量下，雙方不斷碰撞，爭議事件有增無減。魚類屬於再生資源，只要合理利用（如澎湖石滬捕魚）是可以生生不息，有許多漁民世代就是靠著這些天然資源養家活口。
為了保護該珍貴資源，儘管政府可以透過一紙禁令即限制漁民賴以維生的工具，卻沒有配套措施，自然引發反彈，政府在缺乏證據以及人力經費有限的情況下，漁民盜採行為防不勝防，導致台灣海洋漁業資源持續枯竭，也連帶影響到觀光旅遊的推動。
禁捕海膽遭反彈
以日前引發爭議的澎湖馬糞海膽為例，儘管當地政府規定每年5月至9月的短短四月時間開放採捕（其他時間則禁止捕撈），且只准採捕殼徑8公分以上的海膽，但因執行力不足且沒有採總量管制，導致開放沒多久大多數海膽即被撈光，無法達到保育的效果，為此當地保育團體要求採取禁捕方式，引發當地漁民、魚販、商家等反彈認為言過其實，地方政府卻也無力仲裁。
正確做法是，政府部門應該邀集學者專家針對澎湖地區馬糞海膽資源進行有系統、科學化的調查研究，做為管理該項資源的重要依據；再邀集漁民代表、保育團體、商家、地方人士等由專家學者提出說明並解惑，讓各方瞭解該資源的真實情況，避免無謂的口舌及意氣之爭，畢竟海洋保育要有成效還是要靠政府、漁民及消費者三方努力。
朝向漁民自主管理
接下來針對澎湖馬糞海膽究竟該如何做合理運用以及該如何保育，則需要兼顧現實與理想。目前國際上對於漁業資源管理利用，係朝向以在地漁民自主性管理為主，加上政府公權力的共同管理模式（Co-management），此種由「下而上」的管理模式較傳統「由上而下」的行政管理模式，監督成本大為降低，還可以藉由漁民豐富的經驗來配合漁業專家和管理人員實際復育技術，讓漁業資源管理利用更具實效性，也可以達到資源永續利用，實施的成果良好。
尤其光靠增加海洋保護區數量，並不足以達成海洋生物多樣性的保育目標，必須要有當地社區的實際參與保護區的經營，才是海洋保護及魚類資源復育能夠成功的關鍵。另外，日本水產廳與美國海洋大氣廳（NOAA）將合力推動生態系管理方法，主要措施包括；設立海洋保護區、進行生態系監控、強化漁業治理與監控、使用對環境友善之漁具漁法等，均值得台灣學習。
加強民眾保育意識
海洋保育需要向下扎根，若要讓漁民與民眾理解漁業資源永續的重要性，並願意主動配合漁業資源管理制度，光靠法令規範不足以成事，必須透過日常教育宣導，讓民眾都有永續漁業的觀念才行。