我國衛福部大動作要求日本進口食品須附產地證明及特定食品須檢附輻射檢測證明，始得申請輸入食品查驗，引發日本官方強烈反彈，認為台灣沒有科學根據卻擴大管制措施，原因在於，台灣衛福部過去4年檢驗68962件食品，有207個樣本驗出微量輻射，但沒超過台灣及日本標準，日方要求台灣撤銷新管制措施，日本農林水産相林芳正甚至表示，將向世界貿易組織（WTO）提訴。
過去日本政府即多次利用WTO爭端解決機制幫其國內業者爭取權益，不過針對韓國以福島核事故為由禁止部分日本水產品進口一事，日本雖多次於WTO衛生動植物檢疫委員會會議上，以缺乏科學依據及對貿易造成不良影響為由要求韓國解除禁令，韓國官方則表示將依據科學證據和對食品公共安全性考慮對日本進口水產品採取相應措施。
馬總統則認為這是法律問題不是科學問題，雙方各有堅持也引發政治聯想。由於日方為我國重要貿易夥伴，此事件是否衍生台日外交風暴進而傷及兩國長期建立的友好關係引發各界關注。
多數國人對日本產品印象較佳市場接受度高，利之所趨使得不肖商人仿冒日本製造販售大賺黑心錢，引發消費大眾、民意代表及媒體不滿，並要求政府相關單位確實負起把關責任，特別是近日發生日本核災地區生產製造的農水產品偽造成其他地區產地或製造地，矇混輸台引起消費者恐慌。
政府應責無旁貸加強邊境管制與國內稽查，並透過和出口國協商要求對方做好產品出口前把關，但是亦需遵守WTO最惠國待遇原則，而台灣對其他國家產品如中國茶、越南茶等有相同要求嗎？此事涉及國際貿易爭端台灣應遵循國際規範審慎處理。
在國內消費者聞食色變之際，政府加強對進口食品管制國人理應予以支持，不過相關部會在未經足夠風險評估、掌握充分科學證據以及備妥相關配套措施前，就貿然實施擴大管制措施，尤其正值國內養殖鰻魚發生致癌物孔雀綠不當殘留之際，以及外國相繼研擬放寬對日本食品管制措施之際（如加拿大、紐西蘭、墨西哥、智利等國解除了對日本食品的進口限制）時機是否恰當？是否經的起檢驗？是否對國內貿易商、業者、餐飲等帶來負面衝擊？
日本為台灣人最喜歡旅遊國家，而台灣更是日本農産品和食品第三大出口國2014年出口金額高達837億日圓，日方亦憂心若該限制措施長期化，日本食品在台灣的市佔率有可能被其他競爭對手所取代，因此雙方尚有協調空間，無需鬧到世界貿易組織（WTO）。應早日讓台日貿易回歸常軌，相信這符合雙邊利益，別傷了兩國情誼。