1992年為了化解朝野對立的情形，以及提升立法品質，在〈立法院組織法〉中增訂27條之1，賦與黨團法制化的角色，之後，立法院相關的議事安排與行政事務皆透過黨團協商的方式解決。原本立意良好的黨團協商機制，看似解決了某些立法院運作的缺失，但也造成其他不良的影響，簡述如下：
(一)、弱化委員會功能
黨團協商法制化後，委員會審查結果可能會被黨團協商修正，至使得委員會的功能被弱化，委員會的審查程序相較之下也變得不那麼重要，案內容審查的影響力弱化；重要的法案無法在委員會當中充份討論，多數的情形之下皆會被納入黨團協商內；政黨相互角力的結果，影響立法的品質與效率。
(二)、少數人把持黨團協商結果
黨團協商的結論，最後必須獲得黨團幹部的簽字同意，也必須要得到各黨團負責人簽名認可，才能提報院會來進行處理。只要有一個政黨的幹部或負責人不願意簽字，就可以達到阻礙法律審查的程序與效率。
若要解決相關問題，首先應透過確實執行「限期協商」條文之規定，立法院職權行使法第71條之1規定：「議案自交黨團協商4個月無法達成共識者，由院會定期處理。」若能確實執行此項規定，即可防止少數黨團幹部與少數立委為了自身或各自政黨的利益，杯葛法案的立法過程，維護立法效率與品質。並且搭配執行利益衝突迴避之規定，立法委員行使法第23條規定：「立法委員行使職權以利益迴避情事之議案，應迴避審查及表決」。
另外最為人民所不滿的是「黨團協商」不夠透明，最佳的方式是將黨團協商形成制度化運作，不僅要將黨團協商的結論公開，甚至開放媒體採訪，以打破外界密室協商與黑箱作業的疑慮。
以整體國會運作改革的層次而言，由於席次減半，個別立委的影響力也相對提高許多，因此每一個立委在立法院的表現、發言、立場都更應該公開，讓民眾保有知的權利。
因此立法院應主動公布個別立委的出缺席狀況、在各個議題的立場與態度、投票選擇，委員會的發言、及各項個別立委在立法院表現的紀錄與觀察，定期的公佈在媒體，攤在陽光下讓人民檢驗，以給立委壓力，做出最有利於人民的立法與選擇。