為了證明林智堅碩士論文沒有抄襲，國安局長陳明通一個月之內三度發表聲明。身為國家體制內，9大情治系統的領導人，不循教育體制，向台大學倫會説明林智堅案，頻頻對媒體放話，有如提油救火，引發更多的質疑，林智堅民調快速墜落，陳明通應負最大責任。
應循體制處理
國安局長是國家最高情治首長，依據國家安全局組織法規定，綜理調查局、警政署、憲兵指揮部、海巡署、軍情局、政戰局、國防部電訊發展室、軍事安全總隊、移民署等九大情治系統業務，掌理台灣、大陸地區及國際情報工作，位尊權重，在國家體制是扮演運籌帷幄，決勝於千里之外的情治體系領導人。
令人驚訝的是，陳明通拒絕依教育體制，向台大學倫會說明林智堅碩士論文案原委，而是透過媒體三次放話，且他每次放話，都掀起千堆雪，引發外界更多的質疑，究竟國發所的教授是如何教育學生？如何指導學生撰寫論文？治絲益棼，徒讓林智堅陷入更大困境而已。
淘汰不良教師
中研院院士、台大醫學院教授陳培哲說得很直接，他認為此一論文門事件，「指導老師的責任最大」，根本解決之道是淘汰不適任的大學教師。學倫會結果出爐後，如果決定撤銷林智堅的學位，根本解決的辦法是淘汰不適任的大學教師。
「教不嚴，師之惰」，陳培哲認為，「有不合格的教師，台大應該負起責任，將他們淘汰掉，但也要對學生尋求補救之道。」如果學倫會決定撤銷林智堅的碩士學位，是否可以考慮在合適懲罰之後，將他轉到其他的合格老師，重新教育，再依正確方式，指導完成論文。
陳培哲的看法是學生犯錯受到懲罰之後，應該得到再教育學習的機會，但是對於那位無法作育英才的教授，應該優先汰除。
游盈隆反駁「原創說」
陳明通三次聲明，每一次都引起外界不同質疑，第一次他強調林智堅是「原創」，深綠學者游盈隆説，學術上的抄襲定義很清楚，難有爭議，至於「原創」，就很模糊，按照林智堅和陳明通的說詞，不外是問卷、資料、構想，這樣的說法將受到更多的質疑，模糊化「原創」的意涵，並不能讓林智堅擺脫「抄襲」的指控。
至於陳明通第二次發表的4千字聲明，不僅不能平息外界的質疑，甚至連退休23年，88歲高齡，台大首任社科院院長許介鱗都看不下去，在臉書公開聲明社科院絕不能與當權派妥協，「期盼教授們拿出學術良知，秉持學術客觀公正態度，勇敢面對處理之」。他指的「當權派」又是指誰呢？
至於陳明通第三次的聲明，更令人驚訝的是他明知林智堅、余正煌兩人碩士論文題目雷同，竟然先修正林智堅論文後，未經當事人同意，擅自交給余正煌做參考，這又與余正煌透過律師聲明，「他到現在沒有看過林智堅的論文，不知道他寫什麼，也懶得去看」的說法南轅北轍。
余正煌考慮司法解決
由於陳明通最新的說詞引起余正煌不満，余最新的反應是考慮司法訴訟解決，顯示他對循國家教育體制，討回公道，已越來越不抱希望，只有另循司法體系解決，誰為為之，誰令致之？
三次提油救火，卻把全案大火越燒越旺，身居全國情治首長大位的陳明通，似乎很難讓人感受他調和鼎鼐、化解紛爭的能力，反而是知己不知彼，摸不凊當事人余正煌的真實想法及態度，也攪不清台大學倫會對全案掌握的證據，以及廣大社會及學界的看法，率爾出招，如此草率行事，國家的情報工作能做得好嗎？不免令人擔心。