海軍敦睦艦隊在國際疫情緊張之際，仍依原遠訓計畫出航，未貫徹防疫措施造成疫情的大漏洞，正值各方究責及對官兵進行疫調補破網時，國防部仍以涉及國防機密為由，不做正面答覆，有官兵甚至以保密原則拒絕配合疫調，造成社會恐慌，顯示以保密為由隱匿缺失的威權企圖。
指揮官叫不動國防部
磐石艦發生疫情之後，國防部大軍參與了兩天中央流行疫情指揮中心的記者會後，成為眾矢之的，昨天就缺席了例行記者會，雖然指揮官陳時中代為緩頰，但疫情中心一級開設，位階層級已經高於國防部，指揮官仍然叫不動國防部出席是事實，陳時中也語重心長說軍方需要配合防疫的SOP，但是軍方彈性不足，下情難以上達，通報窒礙難行。
艦上疫情爆發後，國防部又像是擠牙膏似的，前後揭露的資訊不一，目前接受疫調的官兵所言是否完全屬實都仍存疑，但光是為了要提醒和確診病例行蹤重疊的民眾注意，已經分批發出幾十萬通細胞簡訊，高雄還傳出有官兵以未獲上級命令為由，而拒絕接受疫調，更是令民眾為之氣結的是，這些官兵哪來的權力可以對疫情中心如此置若罔聞？
資訊不透明並非首例
國防單位以涉及國防機密為由，拒絕透露的事件還不只這次。1996年9月12日台北市大安區空軍作戰司令部營區內，發生五歲女童遭姦殺身亡一案，當晚轄區警方抵達吃了閉門羹，通報地檢署檢察官指揮偵辦，軍方以涉及國防機密、軍事重地為由拒絕檢警進入營區，後來軍方自行宣布「破獲」，曾造成士兵江國慶冤獄被槍決案。
2013年更為轟動全台的洪仲丘軍中霸凌一案，洪被指違規攜帶具有拍照功能的手機進入營區，被控違反軍隊資訊安全保密規定，竟被軍士官聯合凌虐致死，國防部在輿論壓力下，仍然堅持事關軍中管理的機密不坦承過失，也因此引發了兩波50萬人上街的街頭抗爭運動，後來將軍法審判體系的軍事法院移至司法體系管轄才稍平息紛爭。
政府推動全民國防教育是為了凝聚全國民眾的全民國防與愛國意識，保衛國土、保護人民，而不是手拿直接令屬總統的尚方寶劍就可以與民為敵，甚至在疫情當中危害人民生命、陷國家於危難當中，軍方應該在這次防疫重大缺失中，完全醒悟過來。