國科會主委朱敬一決定請辭，因為他覺得自己可以做的事已經做到頂了。也就是，專業的部份，他沒得做了，剩下的，包括跨部會的、政治的、司法的，都是他無法著力的。他指的就是，中科四期、五期開發計畫受阻的事。
朱敬一感慨說，台灣的環保、開發爭議，總是在「零」與「一」之間競合，無法取得「0.5」的平衡，這樣，台灣永遠無法進步。
他曾向抗爭者承諾，中科四期正在規劃轉型，希望能夠讓環境、產業雙贏，也讓地方民眾滿意；他也曾說，中興新村的中科五期與鄰近的景觀文化不合，國科會將會與文建會研商如何讓文化與科技並存永續。
只是環保學者堅持，中科四期已經是一個走不下去的計畫，沒有必要再繼續，如果朱敬一主委說會遵守環境基本法，那就根本不該放任它將錯就錯，而應該道歉、認錯和追究，並且全面停工。
在整個過程中，並沒有看到任何長官出面聲援，寧可讓一位積極改革、忠誠任事的政務官黯然請辭，「孤臣無力可回天」，這就是台灣的政治。