伊斯蘭團體穆斯林兄弟會（「穆兄會」Muslim Brotherhood）已被埃及臨時軍政府列為恐怖組織，這個有80年歷史的組織，正面臨開羅當局的政治清算，激進伊斯蘭主義者一旦崛起，只會加劇政局的紛亂。
1928年由班納（Hassan al-Banna）成立的穆兄會，在2011年結束前總統穆巴拉克30年統治之前，幾乎是以地下組織的型態涉足政治。2011年2月，埃及人民蜂湧起義，迫使穆巴拉克辭職下台；2012年穆兄會成立自由與正義黨（Freedom and Justice Party），支持穆西（Mohamed Morsi）成為埃及首位民選總統。但因穆西經濟政策失當，背離當年「人民革命」的民主希望，爆發大規模示威，軍方推翻穆西且取而代之，直到今日，埃及政局依舊動盪。
【在埃及自成國中國】
穆兄會吸納現代西方意識形態，致力於建立以伊斯蘭信仰為統治核心的政體，採取策略性改革路線，吸引穆斯林專業人士和知識分子的目光成為派內領袖，漸次轉化為世俗性的政治團體。
穆兄會試圖在政治的夾縫中求生存，以社會福利凝聚民意，自有憲法、教育與法律運作體系，在埃及自成國中國，但由於在國家整體發展路線上的根本分歧，以世俗自由派為主的反對勢力與穆兄會的伊斯蘭勢力，長期進行權力鬥爭。
穆西執政期間，排除異己、獨攬國家大權。穆兄會為儘早解除穆巴拉克下台後的政治、經濟危機，一方面為加快推行伊斯蘭化政策腳步，另一方面，試圖統合司法、軍方和反對派力量。
【二次革命再起】
但是，埃及的經濟衰退、民生凋敝，失業率居高不下、人民生活貧困，引發民眾對當權者不滿。復以穆兄會篡奪革命成果、壟斷權力，埃及既有的政治體制僵化、官員貪污腐敗，更強化人民對穆西政府的反彈力道。反對聯盟的「二次革命」再起，軍方也只能順民意罷黜穆西。
穆西遭監禁後，開羅緊急事務法院裁定，禁止穆兄會及其分支機構在埃及的一切活動；埃及社會團結部則解散穆兄會的非政府組織，沒收全部資產。12月24日，位於曼蘇拉（Mansoura）的警察總部遭炸彈攻擊，以西奈半島為基地的伊斯蘭武裝組織艾馬格迪斯（Ansar Bait al-Maqdis）承認犯案，開羅當局依然咎罪穆兄會，旋即宣佈其為恐怖組織，即使穆尼爾（Ibrahim Munir）堅持以和平對抗軍政府的血腥鎮壓，在軍政府掌權之下，重返埃及政壇難度甚高。
【重返政治之路受阻】
國防部長塞西（Abdel Fattah al-Sisi）主導的軍政府痛下殺手鐧，將會是衝突對立的轉捩點，只會激化社會對立，導致抗爭形勢更加惡化。穆兄會重返政治之路受阻，必有其他激進組織趁勢替補權力真空，屆時「暴力版穆兄會」的崛起，必將造成更多衝突。
其次，臨時政府預計明年1月公投憲法，新憲批准的6個月內舉行國會和總統大選。在此之前，以「合法」手段解散、鎮壓穆兄會，加深穆西支持者與世俗化軍政府之間的鴻溝，預埋更多政治不確定性，反而不利於民主發展。
埃及是中東地區民主的橋頭堡，但卻籠罩著法老政治的陰影。穆兄會的未來走向，牽動埃及政治發展的前景，目前看來並不樂觀。