中研院院長遴選及評議員已在4月17日選出名單，預計在1個月內把候選名單呈送總統圈選並任命，也就是最晚會在5月16日，總統府會收到這份名單。
問題是，馬英九總統的任期所剩無幾，民進黨已全面要求他在看守期間不宜做重大決策，而中研院是國家最高學術機構，決定院長人選當然是「重大決策」；此外，近來中研院風波不斷，需要一段時間平靜，攸關中研院未來發展的院長人選似不宜匆促決定，馬英九總統不妨考慮將決定權留給下一任總統蔡英文。
四大條件
中研院現任院長翁啟惠的任期將於105年10月18日屆滿，中研院的遴選活動於去年10月舉行第22屆評議會第3次會議時即已展開。根據現任中研院副院長、同時據傳也是這次院長3位院長候選人之一的王汎森指出，這次院長評議會選舉新任院長著眼於4大重點：國際學術成就、行政經驗、前瞻眼光以及開闊胸襟。
儘管院士們推崇3位外傳的院長候選人都符合上述條件，然而，不論新任院長將由誰來擔任，他勢必得面對中研院形象受損、士氣低迷的現狀，曾經連續6年發表生物醫學與產學合作利益衝突規範研究，並受邀到中研院進行相關專題演講的政治大學法學院副教授劉宏恩，19日撰文表示對中研院高層欠缺反省檢討的能力，感到極為失望。
事實上，雖然翁啟惠已經致歉，也向馬總統和立委做過說明，但他所引發的爭議還沒有真正告一段落，因為目前檢調仍在持續進行搜證和調查。誠如中研院院士賴明詔所說的，「新院長的首要任務就是要挽救中研院名聲。」
院長須挽頹勢
因此圈選院長人選絕對不是一個簡單的任務，不論是由哪位總統圈選，恐怕都不能像過去一般的「行禮如儀」，直接圈選中研院呈報名單的第1名即可，總統需要從更寬更高的格局去思考、任命更合適的中研院院長；更何況，評議會在接到遴選委員會候選人的推選名單後，接下來還要花時間進行必要的行政作業，這些工作處理完，轉眼520也到了，因此中研院院長人選實在毋需急著定案。
依照《中央研究院組織法》規定：「中央研究院置院長一人，特任，綜理院務；由本院評議會就院士中選舉產生，報請總統任命之。」並無明文規定「須在520前送總統府核定」，因此，如果要將院長決定權移交給下任總統蔡英文，可以有2個選擇，第一是中研院開完評議會後，延至520之後再將院長候選人名單呈送總統府，這樣就沒有到底該由現任或繼任總統決定的問題。
不過，中研院已公開表示，將依慣例在評議會後1個月內呈送名單，因此已排除這個可能，接下來就看收到名單的馬英九是不會主動宣布讓出中研院院長的任命權，而交由蔡英文。畢竟未來的中研院院長和新政府共事的時間更長，讓蔡英文決定，不但可以顯出馬英九的風度，也對穩定中研院人事較為有利。